Bởi lịch sử độc đáo và tình trạng khá đặc biệt, vị thế của Dòng Hiệp sĩ Malta đang là chủ đề tranh luận trên trường quốc tế. Họ tự nhận là một "đối tượng có chủ quyền theo luật pháp quốc tế". Không giống như Tòa Thánh có chủ quyền đối với thành Vatican để phân biệt lãnh thổ của họ với Ý, Dòng Hiệp sĩ Malta đã không còn lãnh thổ nào kể từ khi họ mất đảo Malta hồi năm 1798, ngoại trừ hai cơ sở vật chất hiện nay là: trụ sở chính tại Roma là Palazzo Malta (nơi cư trú của Đại thống lĩnh) cùng Villa del Priorato di Malta trên đồi Aventine (cơ quan chính phủ); và Lâu đài Saint Angelo trên đảo Malta. Những nơi này có tòa đại sứ quán của Tòa Thánh và nước Ý được cấp đặc quyền ngoại giao[8]. Liên Hiệp Quốc không coi Dòng Hiệp sĩ Malta như là một "nhà nước phi thành viên" hoặc "tổ chức liên chính phủ" nhưng coi họ là một trong kiểu đơn vị khác được nhận tư cách làm quan sát viên.[9] Tuy nhiên, Liên minh Viễn thông Quốc tế đã không cấp cho họ mã nhận dạng vô tuyến và đuôi tên miền riêng.[10]

Hiện nay, Dòng Hiệp sĩ Malta có quan hệ ngoại giao với 104 quốc gia[11] và quan hệ chính thức với sáu quốc gia và Liên minh châu Âu. Ngoài ra, họ còn có quan hệ với Ủy ban Hội Chữ thập đỏ Quốc tế và một số tổ chức quốc tế khác.[12] Vị thế quốc tế này đã mang lại cho họ sự thuận lợi trong việc thực hiện các hoạt động nhân đạo. Chủ quyền của họ cũng được thể hiện trong việc họ phát hành hộ chiếu, biển số xe,[13] tem bưu chính,[14] và tiền xu riêng.[15]